รัตนา จงสุทธนามณี เริ่มทำงานในตำแหน่งเทศมนตรีฝ่ายการศึกษา เทศบาลเมืองเชียงราย หลังจากนั้นจึงได้รับเลือกตั้งเป็นสมาชิกสภาผู้แทนราษฎร จังหวัดเชียงราย ในการเลือกตั้ง พ.ศ. 2538 ในสังกัดพรรคชาติพัฒนา เป็นสมัยแรก และได้รับเลือกตั้งอีกในสมัยต่อมา หลังจากนั้นได้หันมาทำงานการเมืองท้องถิ่นในนามอิสระ[3] โดยได้รับเลือกตั้งเป็นนายกองค์การบริหารส่วนจังหวัดเชียงรายสองสมัย ในปี พ.ศ. 2547 ชนะนางสลักจฤฎดิ์ (ชื่อเดิม สลักจิต) ติยะไพรัช ภรรยานายยงยุทธ ติยะไพรัช และได้รับการเลือกตั้งอีกครั้งในปี พ.ศ. 2551

ในการเลือกตั้งนายกองค์การบริหารส่วนจังหวัดเชียงรายปี พ.ศ. 2555 รัตนาได้ลงสมัครรับเลือกตั้งอีกครั้งโดยแข่งกับนางสลักจฤฎดิ์ ติยะไพรัช [4] โดยนางสลักจฤฎดิ์ได้รับเลือกตั้ง อย่างไรก็ตามนางสลักจฤฎดิ์ได้กระทำความผิดตามกฎหมาย เมื่อวันที่ 12 มีนาคม 2557 ศาลฎีกาจึงได้พิพากษาจำคุกและเพิกถอนสิทธิทางการเมือง นางสลักจฤฎดิ์ ติยะไพรัช ในข้อหาแจ้งความอันเป็นเท็จต่อเจ้าพนักงาน ตามมาตรา 137 ประมวลกฎหมายอาญา และกระทำการอันเป็นเท็จตาม พรบ.เลือกตั้งสภาท้องถิ่นหรือบริหารท้องถิ่น พ.ศ. 2545 ตามมาตรา 114[5]

ในเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2562 รัตนา จงสุทธานามณี ได้รับแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งที่ปรึกษารัฐมนตรีว่าการกระทรวงการคลัง[6]